Die ersten Franziskaner kamen bereits 1648 nach Eggenfelden. Mit der Erbauung von Kirche und Konventgebäude wurde 1654 begonnen. Wegen des großen Zustroms an Gläubigen wurde die Kirche 1737 nach Osten hin erweitert. Aufgrund der Säkularisation verließen die Brüder 1803 das Kloster und zogen nach Dietfurt um. 1832 konnte das Kloster, das zwischenzeitlich u.a. als Brauerrei und Gasthaus fungierte, wieder errichtet werden. In den zurückliegenden Jahren befand sich in Eggenfelden das Postulat der Bavaria und es ist Kloster zum Mitleben.

Heute leben 7 Brüder im Konvent. Ihre Aufgabenschwerpunkte sind neben der Gästebetreuung im "Kloster zum Mitleben" die Krankenhausseelsorge. Das Kloster erfährt in der Bevölkerung einen großen Rückhalt und Zuspruch. Das Patronat der Kirche ist der Hl. Antonius von Padua.